【序章】
――慶応三年。
主人公が新選組に身柄を拘束されてから、三年の月日が経ったある日。
監察方隊士・山崎烝は、新選組の活動や隊士の記録を残しておきたいと言い、主人公にも話を聞きたいと持ちかけた……。
【巻ノ一】
主人公が新選組屯所で生活するようになってからしばらく経った頃。
父親が見つからず、不安な思いを抱える主人公に、隊士たちは……
【巻ノ二】
元治元年。世に言う池田屋事件が起こる。
新選組はこの一件で目覚ましい成果を残すが、それは隊士たちにとっても大きな影響を残した……
【巻ノ三】
ある日、庭の掃除をしていた主人公。
子供の泣き声を聞き、屯所の門へ向かうと、そこには迷子になった少年がいた……
【巻ノ四】
慶応元年。隊士の数も増え、より広い屯所に移るため、西本願寺へ引っ越すことになった新選組は……
【巻ノ五】
西本願寺への引っ越しも終わったある日のこと。 ある隊士の行動がきっかけで騒動が起こった……
【巻ノ六】
容赦なく太陽が照りつける夏のこと。 仕事中に倒れてしまった主人公を看病する隊士たちは……
【巻ノ七】
島原で宴会をすることになった隊士たち。その宴の席で、騒がしい声のする隣の座敷にいたのは……
【巻ノ八】
自分は隊士達の足を引っ張っているのではないかと悩む主人公。その相談を受けた隊士たちは……
【巻ノ九】
一日、休暇をもらうことになった主人公。休日に何をしようかと考えていると……
【巻ノ十】
まだ肌寒さの残る日。隊士たちは、稲荷神社の縁日の話をしていた。噂になっている『幻の蕎麦屋』とは……
【終巻】
新選組の活動や隊士の記録を残すため、これまでの出来事を話していた隊士たち。広間を後にした彼らが向かった先は……
※「終巻」は「巻ノ一」～「巻ノ十」の全話を購入、各話１ルート以上のクリアで解放されます。
※すべてのエピソードに、全キャラクターが登場するものではございません
雪村 千鶴（主人公/名前変更可能）
行方不明になった父を捜しにきた京で、ある事件を目撃したことから新選組に捕まってしまう。新選組と行動を共にしながら父を捜すうちに、新選組の秘密や自分の出生の秘密などを知ることになる。
土方 歳三（CV：三木 眞一郎）
新選組副長
近藤の片腕であり、鬼の副長とのあだ名を持つ。
実際には、荒くれの隊士をまとめるために鬼役を買って出ている。内側の顔を知るものはごく少ない。
沖田 総司（CV：森久保 祥太郎）
新選組一番組組長
天才的な剣の使い手で、一番組の組長を務める。
普段は冗談や笑みを絶やさないが、剣を振るうときは容赦がない。
斎藤 一（CV：鳥海 浩輔）
新選組三番組組長
無口の一匹狼で人見知りが激しい。
左利きの居合いの達人で、剣の腕前は新選組の中でも指折り。
藤堂 平助（CV：吉野 裕行）
新選組八番組組長
新選組幹部の最年少。祭好きの江戸っ子で、人の輪や剣の修羅場に真っ先に
乗り込む野次馬根性の持ち主。
原田 左之助（CV：遊佐 浩二）
新選組十番組組長
けんかっ早く口も悪いが、人情に厚く義理堅いところがある。
刀より槍を得意にしている。
風間 千景（CV：津田 健次郎）
薩摩藩に雇われた新選組を狙う謎の剣士。
主人公のことをなぜか特別視している。
近藤 勇（CV：大川 透）
新選組局長
新選組を代表する大将。剣術に鍛えられた貫禄を持ちながらも、人情深く涙もろい。
幕府を助けることこそが本物の武士と信じている。
山南 敬助（CV：飛田 展男）
新選組総長
元仙台藩士。表向きはにこやかな微笑みを絶やさないが、その裏側では怜悧な表情で隊をまとめている。
永倉 新八（CV：坪井 智浩）
新選組二番組組長
剣術と酒と女が大好きな江戸っ子で、曲がったことの大嫌いな性格。
剣の腕前は新選組の中でも指折り。
井上 源三郎（CV：小林 範雄）
新選組六番組組長
幹部の年長者で、生真面目で誠実な人柄のためか人望も厚い。
同郷同門の近藤や土方とは絶大な信頼で結ばれている。
山崎 烝（CV：鈴木 貴征）
新選組諸士調役兼監察
新選組の内部監察や、外での諜報活動に務める。
土方を尊敬している。
島田 魁（CV：大羽 武士）
新選組諸士調役兼監察、伍長、軍監
新選組の内部監察や諜報活動、二番組の伍長などを勤める。
隊内一の巨漢と腕力の持ち主。
南雲 薫（CV：伊藤 葉純）
京の街中で知り合いになる少女。
なにかと主人公に関わり、頼りにしてくる。
天霧 九寿（CV：山口 りゅう）
薩摩藩に雇われた新選組を狙う謎の人物。
剣を持たずに素手で勝負を挑む。
不知火 匡（CV：吉田 裕秋）
長州藩に雇われた新選組を狙う謎の人物。
新しもの好きで銃を操る。